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吳仲義蒲慕明兩學者再次呼吁堅守學術道義

即時公開共享新冠病毒數據

2020-02-21 中國科學報 李晨陽
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  截至2月10日,共有55份新型冠狀病毒基因組數據可公開獲取。其中1月22日以前獲取的31份測序數據幾乎全部來自中國(僅有1例來自美國)。然而1月22日以后,余下的24份數據一律來自國外,包括日本、韓國、新加坡、澳大利亞、美國、法國、英國等。

  “數據背景的斷層,使我們很難在時間與地理上找到連續的規律。數據不規范公開的趨勢彰顯了學術界的矛盾。”

  2月18日,中山大學生命科學學院教授、臺灣“中研院”院士吳仲義和中國科學院院士、中科院腦科學與智能技術卓越創新中心(神經科學研究所)學術主任蒲慕明,在《國家科學評論》上再次撰文指出,在當前的危急情形下,科學家扣留數據的影響會是嚴重而深遠的。他們呼吁國內學者即時公布和共享新型冠狀病毒測序數據。

  兩周前,兩人曾在《國家科學評論》撰文呼吁將新冠病毒的基因組數據盡快公開。

  《中國科學報》:為什么關心新型冠狀病毒的基因測序數據?

  吳仲義:目前,新型冠狀病毒可能已經達到頂峰,不會再進化;但也可能蓄勢待發,進入危險期。在兩極分化的不確定下,只有公開數據,才能讓科學家知道下一步怎么走。

  病毒感染人群后可能會發生快速演變,而自然選擇偏好高傳染力的突變。17年前SARS的暴發也體現出這樣的傳播規律:2002年11月至2003年1月底,SARS病毒的傳播速度較為緩慢,2003年2月起開始迅速加快,這種趨勢一直延續至疫情晚期。

  傳播加速與病毒RNA序列的改變息息相關;尤其是病毒S蛋白在傳播前期快速積累了5個氨基酸突變。這說明SARS病毒從果子貍躍染到人之后,經歷了一系列遺傳適應性改變。

  目前我們已經看到,兩場流行病的特征有諸多不同,但這大多是臨床分析上的。如果能盡快獲得病毒基因組數據,就可以通過對比兩種病毒進化動態的差異,更準確地判斷疫情,也更精準地進行防控。

  蒲慕明:作為科研人員,在很急切地尋找基礎數據、想研究這個病毒到底有沒有變異時,我們卻發現,很難找到較新的國內研究數據。這很不正常,因為國內有更多的病毒材料,也掌握了更多的相關數據,能開展測序工作的科研人員也并不少。

  《中國科學報》:如果貽誤了對病毒序列變異的掌握,會對我們的防疫工作造成哪些實際的威脅和阻礙?

  蒲慕明:病毒在人身上傳播,肯定會發生變化。它的傳染力和毒性是變得更強還是更弱了?我們要掌握這些信息,才能有更好的對策。

  而且,新型冠狀病毒的感染范圍已經遍及全國絕大多數地區,不同地區的病毒可能已經出現演化上的差異。不知道這些差異,也不知道變異的過程,我們就很難精準地、因地制宜地進行防疫。

  《中國科學報》:近期有部分論文指出,迄今病毒樣本之間的全長基因組序列幾乎完全相同,提示病毒未發生明顯的變異。如何看待這樣的結論?

  吳仲義:沒看到變異,甚至還沒有仔細看,不能就說沒有變異。

  人與黑猩猩基因組序列僅有1.2%的差別。但是這一點差異非同小可。如果要說人與黑猩猩之間“未發現明顯的變異”,那似乎有點違背常情。

  蒲慕明:還是要拿測序數據說話,而且是即時更新的數據,而不是較早發布的數據。

  《中國科學報》:1月22日以前獲取的31份測序數據幾乎全部來自于中國;然而1月22日以后,余下的24份數據一律來自國外——1月22日這個時間節點可能意味著什么?

  蒲慕明:這個我們也不清楚。

  吳仲義:這是一個趨勢。時間節點具體發生在哪天,或許關系不大。

  《中國科學報》:國內哪些機構能獲得新型冠狀病毒基因組的最新序列數據?

  蒲慕明:很多地方能做,要求就是第一能拿到病毒,第二具備有資質的病毒實驗室。理論上1月22日以前發表序列的這些機構都能做。

  《中國科學報》:你們提到,需要警惕位于病毒ORF8基因中28144位點上的突變—— 在1月5日以前于武漢采集的13例樣本中只出現了1次(7.8%),但在1月10日之后于武漢之外采集的42例樣本中,出現了18次(43%)。這個位點的突變可能意味著什么?

  蒲慕明:這可能是一個毒性相關位點。但要判斷新型冠狀病毒的毒性是不是發生了變異,我們還需要更多資料。

  吳仲義:從進化角度,這個突變的傳播速度似乎不尋常。但樣本數量不夠大,統計學上未必可靠。我們需要更多的數據來查清楚這個突變是否是個危險訊號。

  《中國科學報》:如此重要的測序數據,在公共平臺上卻難以查找,這是什么原因導致的?

  吳仲義:數據是有的,為何不發我們不知道。

  蒲慕明:我們國內沒有一個公開的地方可以去查這些數據,這的確很奇怪。我們只能推測有可能是科研人員希望用這些數據去寫論文,發表在高影響因子的期刊上。

  《中國科學報》:如果真是這樣,那是違背學術道德和科研倫理的吧?

  蒲慕明:鑒于當前疫情的嚴峻形勢,是這樣的。

  因此我們建議采用“胡蘿卜加大棒”的方式促進數據的發表。所謂“胡蘿卜”,就是建議期刊接收發表初步處理的基因組學數據。即便沒有新的數據產出,基于先期數據完善的分析結果也應該接收。

  所謂“大棒”,就是期刊應當對那些隱瞞公共衛生安全數據的論文嚴肅對待,拒絕發表這種基于不道德學術行為的研究。

  應對數據發布,國內已經建立了一些開放數據庫(例如https://bigd.big.ac.cn/,https://db.cngb.org),或開放數據分析平臺(例如https://fight-sars2.genowis.com) 。

  現在不要求你寫大文章,也不要求你的寫作符合高水平期刊的要求,請大家把數據即時共享到開放平臺上!

  相關論文信息:https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa030

  (原載于《中國科學報》 2020-02-21 第1版 要聞)
打印 責任編輯:侯茜

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